Sous les tutelles du CNRS, de l’Université Côte d’Azur et de l’Université de Corse, les missions et objectifs de la MSHS Sud-Est sont l’animation de la recherche interdisciplinaire en sciences humaines et sociales (SHS) autour de plusieurs axes de recherche, la prestation de services pour les laboratoires membres, le développement de la coopération avec les disciplines hors SHS, le développement de la culture scientifique et du patrimoine culturel auxquels ont recours les SHS, le développement des relations entre les chercheurs en SHS et le monde économique.
La MSHS Sud-Est fait partie du Réseau National des Maisons des Sciences de l’Homme (RnMSH) comprenant 23 Maisons des Sciences de l’Homme réparties sur toute la France. Elle est partie prenante du groupe des MSH disposant de plates-formes en sciences cognitives (COGITO), favorise l’interface entre la communauté scientifique et les Très Grandes Infrastructures de Recherche (TGIR) comme Huma-Num, mène des projets de recherche interdisciplinaires financés par le RnMSH et la Mission pour l’Interdisciplinarité du CNRS et participe aux actions internationales du RnMSH en partenariat avec les MSH associées (Sfax et Bruxelles).