Manon Vuillien

Post-doctorante, CNRS

Membre rattachée aux groupes de travail MIAM, IA-MAHA & TRAP

Mots clés

Animaux, sociétés humaines, Holocène, Anthropocène, biodiversité animale, transformation des sociétés, Archéozoologie, anatomie comparée numérique, analyses de formes 3D

Keywords

Animals, human societies, Holocene, Anthropocene, animal biodiversity, societal transformation, zooarchaeology, digital comparative anatomy, 3D shape analysis

 

Thème de recherche

Mon travail se situe à l’interface des sciences humaines, des sciences naturelles et des sciences formelles. Mes recherches portent sur les relations entre les sociétés humaines et leurs ressources fauniques sur le temps long. Je m’intéresse en particulier à certaines périodes-clés du début de l’Holocène considérées comme des moments de rupture entre les humains et la nature (e.g. domestication, élevage, métaux, urbanisation). Pour cela, j’étudie les restes fauniques (os, dents), principalement des herbivores sauvages et domestiques, retrouvés sur les sites archéologiques aussi bien dans le bassin méditerranéen nord-occidental que dans le Sud-Ouest asiatique par l’intermédiaire de plusieurs approches développées en archéozoologie et d’autres disciplines, comme l’imagerie 3D, l’analyse des formes, les statistiques et le machine learning. Ces approches combinées me permettent de documenter l’impact de l’exploitation des ressources animales sur la transformation économique et sociale des sociétés et sur l’évolution de la biodiversité animale passée.

Research interest

My research interest lies at the intersection of the humanities, natural sciences and formal sciences. I investigate the long-term relationships between human societies and their animals’ resources focusing on key transitional periods at the beginning of the Holocene, when humans and nature experienced significant changes (e.g. domestication, livestock farming, metals, urbanisation). I analysis the faunal remains, primarily bones and teeth, sourced from both wild and domestic herbivores. These remains are mainly recovered from archaeological sites in the northwestern Mediterranean basin and Southwest Asia. My methodological approach draws on a range of techniques developed in archaeozoology and related fields, including 3D imaging, geometry, statistics and machine learning. These integrated approaches allow me to document the impact of animal resource exploitation on the economic and social transformation of societies as well as on the evolution of animal biodiversity through time.

Parcours

Responsable programmes de recherche

Participation à des programmes de recherche

  • PCR « Paléoécologie de la grotte du Lazaret » (resp. E. Desclaux) – 2023-2025
  • Arch-AI-Story (resp. I. Théry-Parisot) 2021 – 2023 – MESRI & Université Côte d’Azur (UCA) IDEX JEDI- Engagée dans l’atelier 4 « ArchéoBIO » pour faire dialoguer les études archéozoologiques avec les mathématiques appliquées et l’intelligence artificielle.
  • ANR EVOSHEEP (resp. E. Vila, ANR -17-CE27-0004) 2018 – 2023 - En charge des études en morphométrie géométrique 3D des os du squelette appendiculaire des moutons dans le but de retracer l’émergence des premières races de moutons en Asie du Sud-Ouest.
  • Muséum national d’Histoire naturelle – Projet Fédérateur – Département Homme-Environnement USTENSILES (resp. A. Averbouh) 2023 - Rôle d’experte en archéozoologie 
  • MITI CNRS - AgroPastCN (resp. C. Delhon) 2020 – 2021 & Université Côte d’Azur – CoproArchéo (resp. C. Delhon) 2018 - 2019 - Échantillonnage du matériel faunique étudié provenant d’une grotte bergerie néolithique et interprétations/discussions des données isotopiques obtenues au regard des données archéologiques disponibles.
  • ANR CemeNTAA (resp. W. Rendu & L. Gourichon, ANR-14-CE31-0011) 2014 – 2018- Étude de l’élevage et du pastoralisme au cours du Néolithique moyen dans le Sud de la France par le biais de la cémentochronologie : réalisation et interprétation de lames minces d’échantillons fauniques issus du site archéologique de Pertus II et participation à des tests inter-observateurs pour valider les protocoles méthodologiques.

Responsabilités administratives et scientifiques

  • Depuis 2025 : Membre du comité de pilotage du réseau Particip'Arc, Muséum national d’histoire naturelle (MNHN), Ministère de la Culture, Paris
  • Depuis 2024 : Responsable scientifique de l’espace « le bouquetin alpin : entre mer et montagne » pour l’exposition annuelle « L’effet papillon : Pré-histoire des animaux », Musée d’anthropologie préhistorique de Monaco
  • Depuis 2024 : Représentante collège « chercheur.e.s contractuel.lle.s de la recherche et de l’enseignement »,membre invitée, CEPAM UMR 7264, Nice
  • Depuis 2023 : Membre exécutif de l’édition du blog Bioarchéologies, CNRS, INEE; Demandes de billets à adresser à bioarcheologiesblog@gmail.com
  • 2022 : Représentante collège postdoctorant.e.s, membre élue, UMR 7209 AASPE, Paris
  • 2018-2019 : Représentante collège doctorant.e.s/postdoctorant.e.s, membre élue, CEPAM UMR 7264, Nice

Membre de sociétés scientifiques nationales

  • Depuis 2025 : Membre de l’association de la Société préhistorique française
  • Depuis 2024 : Membre du réseau France Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology (CAA)
  • Depuis 2022 : Membre du réseau Particip'Arc, Muséum national d’histoire naturelle (MNHN), Ministère de la Culture, Paris
  • Depuis 2022 : Membre de la Fédération de Recherche et d’animation en bioarchéologie, CNRS, INEE, France

Encadrement

  • Depuis 2023 : Encadrante de la thèse en mathématiques appliquées de D. Adamo - Ai for archaeozoology: learning methods to identify and cluster faunal remains (dir. E. Vila ; co-dir. M. Corneli).
  • 2025 : Co-encadrante C. Lamarque – CDD postdoctorat
  • 2025 : Encadrante A. Gomez – L3 Biodiversité et écologie – Université Côte d’Azur- Initiation à l’étude des écofacts archéologiques
  • 2024 : Co-encadrante R. Bacilière – M1 parcours Préhistoire, Paléoenvironnement et Archéoscience du CEPAM - Étude archéozoologique des niveaux du Néolithique final (2800-2650 BCE) fouillés dans les années 60 de la grotte de Pertus II (Alpes-de-Haute-Provence) (dir. L. Gourichon)
  • 2024 : Co-responsable de l’encadrement G. Gioan, étudiant de M2, Parcours Management, Jeu vidéo, Image, Créativité (MAJIC) pour la création du jeu vidéo « Manger au fil des âges » (co-encadré par S. Le-Briz, L. Drieu, A. Henry, G. Le Dantec, A. Jouvenez)
  • 2021-2023 : Co-encadrante de 3 étudiants de master Parcours MsC Data Science and Artificial Intelligence, Université Côte d’Azur - Archéozoologie et Intelligence artificielle : développement d’outil d’aide à l’identification

Enseignement

Depuis 2024 :

  • Paléobiodiversité – Licence 3 – Biologie des organismes et des écosystèmes, UniCA
  • Anthropisation – Licence 3 – Biologie des organismes et des écosystèmes, UniCA
  • Découverte Préhistoire – Licence 1, Histoire, UniCA
  • Archéologie & Méthodes – Licence 2 – Histoire, UniCA
  • Écrire son mémoire de recherche – Master 1 2P2A, CEPAM, UniCA
  • Éthique de la recherche – Master 1 – 2P2A, CEPAM, UniCA
  • Approches expérimentales en archéologie – Master 2 2P2A, CEPAM, UniCA

2017, puis depuis 2023 :

  • Archéozoologie – Master 1 – 2P2A, CEPAM, UniCA

2017-2018, puis depuis 2024 :

  • Recherche bibliographique – Master 1 2P2A, CEPAM, UniCA

Depuis 2021 : Formation à la modélisation 3D des données bioarchéologiques

  • Étudiants, chercheurs & personnels techniques, UMR 7209 AASPE, CNRS – MnHn, Paris et UMR 7264 CEPAM, Nice

Distinction

  • 2020 : Prix d’encouragement et médaille d’argent de la Société Archéologique du Midi de la France, mémoire de Master 2.
  • 2017 : Bourse « Égalité des Chances », fondation Université Côte d’Azur

CV HAL

tél :
manon.vuillien@univ-cotedazur.fr

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Articles dans une revue 11

  • Manon Vuillien, Emmanuelle Vila, Jwana Chahoud, Bea de Cupere, Moussab Albesso, et al.. Exploring biological and ecological components from sheep astragalus size and shape variation using 3D geometric morphometrics: towards a bioarchaeological proxy. Journal of Archaeological Method and Theory, 2026, 33 (4), pp.58. ⟨10.1007/s10816-026-09789-x⟩. ⟨hal-05303668⟩

  • Jean-Denis Vigne, Jean-Pierre Girard, Sandrine Grouard, Alexandra Villarroel-Parada, Manon Vuillien. Démarches participatives en archéologie : introduction et analyse croisée. Séances de la Société préhistorique française, 2025, Démarches participatives en archéologie, 22, pp.11-22. ⟨hal-05303715⟩

  • Manon Vuillien, Davide Adamo, Emmanuelle Vila, Amane Agraw, Thierry Argant, et al.. Topological data analysis and multiple kernel learning for species identification of modern and archaeological small ruminants. Journal of Computer Applications in Archaeology, 2025, 8 (1), ⟨10.5334/jcaa.181⟩. ⟨hal-04779367v2⟩

  • Isabelle Fabrizi, Stéphanie Flament, Claire Delhon, Lionel Gourichon, Manon Vuillien, et al.. Low-Invasive Sampling Method with Tape-Disc Sampling for the Taxonomic Identification of Archeological and Paleontological Bones by Proteomics. Journal of Proteome Research, In press, ⟨10.1021/acs.jproteome.4c00083⟩. ⟨hal-04660926⟩

  • Cédric Lepère, Janet Battentier, Didier Binder, Jacques Élie Brochier, Delhon Claire, et al.. Les occupations néolithiques de Pertus II à Méailles. Au fil du Coulomp, 2023, 6, pp.17-27. ⟨hal-04279852⟩

  • Sarah Barakat, Mael Le Corre, Malte Willmes, Jessica Cohen, Manon Vuillien, et al.. Laser ablation strontium isotopes and spatial assignment show seasonal mobility in red deer (Cervus elaphus) at Lazaret Cave, France (MIS 6). Frontiers in Ecology and Evolution, 2023, 11, ⟨10.3389/fevo.2023.988837⟩. ⟨hal-04307212⟩

  • Camille Bader, Christophe Mallet, Jwana Chahoud, Agraw Amane, Bea de Cupere, et al.. Are petrous bones just a repository of ancient biomolecules? Investigating biosystematic signals in sheep petrous bones using 3D geometric morphometrics. Journal of Archaeological Science: Reports, 2022, 43, pp.103447. ⟨10.1016/j.jasrep.2022.103447⟩. ⟨hal-03806416⟩

  • Marine Jeanjean, Ashleigh Haruda, Lenny Salvagno, Renate Schafberg, Silvia Valenzuela-Lamas, et al.. Sorting the flock: Quantitative identification of sheep and goat from isolated third lower molars and mandibles through geometric morphometrics. Journal of Archaeological Science, 2022, 141, pp.105580. ⟨10.1016/j.jas.2022.105580⟩. ⟨hal-03760449⟩

  • Emmanuelle Vila, Philippe Abrahami, Moussab Albesso, Agraw Amane, Camille Bader, et al.. EvoSheep : The Makeup of Sheep Breeds in the Ancient Near East. Antiquity, 2021, 95 (379), pp.e2, 1-8. ⟨10.15184/aqy.2020.247⟩. ⟨hal-03402639⟩

  • Manon Vuillien, Abdelkader Moussous, Leïla Hoareau, Lionel Gourichon. La faune en contexte funéraire provençal à la fin du Néolithique et à l’âge du Bronze : réexamen du mobilier collecté dans les sites des Bas-Moulins et des Spélugues (Principauté de Monaco). Bulletin du Musée d'Anthropologie préhistorique de Monaco, 2020, 59, pp.111-119. ⟨halshs-02975373⟩

  • Suzon Provost, Didier Binder, Henri Duday, Gilles Durrenmath, Gwenaëlle Goude, et al.. Une sépulture collective à la transition des VIe et Ve millénaires BCE : Mougins – Les Bréguières (Alpes-Maritimes, France) : fouilles Maurice Sechter 1966-1967. Gallia Préhistoire – Préhistoire de la France dans son contexte européen, 2017, 57, pp.289-336. ⟨10.4000/galliap.620⟩. ⟨hal-01649659⟩

Chapitres d'ouvrage 4

  • Manon Vuillien. Etude des restes fauniques collectés dans le fossé de l'agglomération de Maritima Avaticorum. Jean Chausserie-Laprée, Michel Rétif, Jean-Claude Bardzakian. Le site de Tholon, Lycée Paul-Langevin, quartier de Ferrières, 3, pp.39-56, 2024, Rapport de fouille archéologique préventive - Martigues. ⟨hal-05253334⟩

  • Delphine Decruyenaere, Rocco Rante, Manon Vuillien, Marjan Mashkour. Animal remains of the Oasis of Bukhara: Preliminary results. Rocco Rante. The Oasis of Bukhara, 3, BRILL, pp.364-370, 2024, 978-90-04-69399-9. ⟨hal-04774184⟩

  • William Rendu, Stephan Naji, Éric Pubert, Carlos Sánchez-Hernández, Manon Vuillien, et al.. Cementochronology Protocol for Selecting a Region of Interest in Zooarchaeology. Stephan Naji; William Rendu; Lionel Gourichon. Dental Cementum in Anthropology, Cambridge University Press, pp.201-214, 2022, 9781108477086. ⟨10.1017/9781108569507.013⟩. ⟨hal-03502938⟩

  • Manon Vuillien, Lionel Gourichon. L'élevage des petits ruminants au cours du second âge du Fer en Provence. Lionel Gourichon; Camille Daujeard; Jean-Philip Brugal. Hommes et Caprinés : de la montagne à la steppe, de la chasse à l’élevage, Editions APDCA, pp.205-226, 2019, Actes des XXXIXe Rencontres internationales d'Archéologie et d'Histoire d’Antibes (16-18 octobre 2018). ⟨hal-02335865⟩

Communications avec actes 2

  • Davide Adamo, Marco Corneli, Manon Vuillien, Emmanuelle Vila. An in depth look at the Procrustes-Wasserstein distance: properties and barycenters. Forty-Second International Conference on Machine Learning (ICML, 2025), Jul 2025, Vancouver (CA), Canada. pp.444-459. ⟨hal-04936261v3⟩

  • Manon Vuillien, Isabelle Rodet-Belarbi, Allowen Evin, Lionel Gourichon. L'élevage des petits ruminants au cours de l'Âge du Fer en Provence, renouvellement des connaissances et approches méthodologiques croisées. XXXIXe Rencontres Internationales d'Archéologie et d'Histoire d’Antibes, Oct 2018, Antibes, France, France. ⟨hal-02195123⟩

Thèses 1

  • Manon Vuillien. Systèmes d'élevage et pastoralisme en Provence et dans les Alpes méridionales durant la Protohistoire : Nouvelles perspectives en archéozoologie. Sciences de l'Homme et Société. Université Côte d'Azur, 2020. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-03520794⟩

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